Seit über 20 Jahren sind "Die Pfefferkörner" ein Vorbild für alle Nachwuchsdetektive: In ihren über 200 Fernsehfolgen haben die Kinder in bislang elf Generationen zahlreichen Gangstern und Verbrecherinnen das Handwerk gelegt. Immer wieder nahmen sie dabei auch Umweltsünder ins Visier. So auch in "Die Pfefferkörner und der Schatz der Tiefsee" (Regie: Christian Theede, Buch: Dirk Ahner), dem zweiten Kinoabenteuer der Jungermittler.
Die Meeresbiologin Jaswinder (Meriam Abbas) forscht in Nordirland nach einer Methode, die Weltmeere weitestgehend plastikfrei zu halten. Dass sie sich mit ihrem Vorhaben nicht nur Freunde macht, liegt auf der Hand. Vor allem Fleckmann (Heino Ferch), ein Unternehmer, der mit illegaler Müllentsorgung viel Geld verdient, hat Jaswinder auf dem Kieker. Als die Biologin plötzlich verschwindet, schrillen bei ihrem Sohn Tarun (Caspar Fischer-Ortmann) die Alarmglocken.
Gemeinsam mit seiner Freundin Alice (Emilia Flint), den Geschwistern Jonny (Leander Pütz) und Clarissa (Charlotte Martz) sowie einer Bande Fischerkindern setzt Tarun alles daran, Jaswinder zu befreien und die Zukunft der Meere zu schützen.