Löwe Alex, Zebra Marty, Giraffe Melman und Nilpferddame Gloria wollen eigentlich nur eines: zurück in ihren geliebten New Yorker Zoo. Unterwegs mit einer Affenbande, Lemurenkönig Julien und den vier Pinguinen landen die Freunde zunächst in Monte Carlo. Hier heftet sich bald eine gnadenlose Polizistin an ihre Fersen. Die Freunde suchen Zuflucht in einem abgetakelten Zirkus. Doch der einstige Star der Show, Tiger Vitali, hält nichts von den Neuankömmlingen bis sie gemeinsam eine neue Show auf die Beine stellen ...
Nach "Madagascar" und "Madagascar 2" überzeugt auch der dritte Streich mit vielen witzigen Details (diesmal in 3D) und mitunter atemberaubenden Animationssequenzen (etwa die Zirkusshow), in denen ein wahres Feuerwerk von Ideen abgefackelt wird. Auch wenn es nicht immer logisch zugeht und die Dauerhektik manchmal die Nerven strapaziert, Spaß macht es dennoch.