Nach seiner Ausbildung an der renommierten Westfälischen Schauspielschule in Bochum begann Zapatka seinen Weg am Theater. Nach Freiburg und Essen kam er 1972 an das Staatstheater in Stuttgart, in dem er mit Claus Peymann arbeitete. Seine wichtigste Bühnenerfahrung machte er aber an den Münchner Kammerspielen. Über 20 Jahre war er hier engagiert, spielte die großen Klassiker in herausragenden Inszenierungen: Goethes "Clavigo" und "Torquato Tasso" (Regie: Dieter Dorn), "Dantons Tod " von Büchner oder Shakespeares "Der Sturm".
In den achtziger Jahren begann der Charakterkopf sich im Fernsehen zu etablieren, spielte in Krimiserien wie "Tatort", "Der Alte" und "Ein Fall für zwei" mit. Den ersten großen Erfolg hatte Manfred Zapatka mit der ZDF-Serie "Rivalen der Rennbahn" (1989). Herausragend war seine Darstellung des Altkanzlers Helmut Schmidt in Heinrich Breloers mehrfach ausgezeichnetem Doku-Drama "Todesspiel" (1997). Im Kino war er auch in dem Multi-Kulti-Klamauk "Erkan & Stefan", in der Komödie "DoppelPack" (2000) und in dem Drama "Elefantenherz" (2002) zu sehen.
Manfred Zapatka lebt mit seiner Frau in Berlin, die fünf erwachsenen Kinder sind längst aus dem Haus. Er mag Sport, von Fußball bis Boxen, und er liest leidenschaftlich gerne; am liebsten Krimis von Raymond Chandler bis Doris Gercke ("Bella Block") oder Romane von Philip Roth bis Arno Schmitt. 2003 bereitete der Mime sein Debüt als Theaterregisseur vor. Ein Stück des Komponisten und Kabarettisten Georg Kreisler hat es ihm angetan: "Lola blau", die Geschichte einer jüdischen Sängerin, die in den 30er Jahren in Amerika zum Star wird.
Weitere Filme mit Manfred Zapatka: "Sparks in Neu-Grönland" (1970), "Zoff" (1971), "Deutschland im Herbst" (1977), "Krieg und Frieden" (1982), "Tatort - Roulette mit 6 Kugeln" (1983), "Tatort - Blütenträume" (1985), "Wilder Westen inclusive" (1988), "Fabrik der Offiziere", "Die Männer vom K3 - Tödlicher Export", "Der Rausschmeißer" (alle 1989), "Erfolg" (1990), "Ex und hopp" (1991), "Tatort - Die Zärtlichkeit des Monsters", "Ebbies Bluff", "Das letzte U-Boot" (alle 1992), "Nervenkrieg", "Das Schicksal der Lilian H." (beide 1993), "Tränen eines Siegers", "Ein unvergessliches Wochenende in Sevilla" (beide 1994), "Tatort - Freitagsmörder" (1995), "Die Männer vom K3 - Der Deichmörder", "Von Frau zu Frau - Ein neues Leben", "Martin Berg: Mörderischer Wohnen - Der Tod des letzten Mieters" (alle 1996), "Zwei Brüder - Kaltes Herz" (1997), "Polizeiruf 110 - Todsicher", "Annas Fluch - Tödliche Gedanken" (beide 1998), "Der Schandfleck" (1999), "Jesus-Legenden - Judas", "Tatort - Havarie" (beide 2001), "Rosamunde Pilcher: Bis ans Ende der Welt" (2002), "Der Puppengräber" (2002), "Tatort - Mutterliebe", "Die Nacht singt ihre Lieder", "Rosa Roth - Freundeskreis" (alle 2003), "Unter Verdacht - Beste Freunde", "Spiele der Macht - 11011 Berlin", "Mord am Meer" (alle 2004), "Falscher Bekenner", "Offset" (beide 2005), "Der freie Wille", "Tod einer Freundin", "KDD - Kriminaldauerdienst: Auf schmalem Grat", "Das Schneckenhaus", "Hamburger Lektionen" (Sprecher, alle 2006), "Autopiloten" (2007), "KDD - Kriminaldauerdienst: Am Abgrund", "Die Weisheit der Wolken", "Die Lüge" (alle 2008), "KDD - Kriminaldauerdienst: Chancen" (2009), "Den Tagen mehr Leben!", "Die Zeit der Kraniche" (beide 2010), "Marie Brand und die Dame im Spiel", "Schreie der Vergessenen", "In den besten Jahren" (alle 2011), "Der Tote im Eis" (2012).