Der seit Ewigkeiten herrschende Waffenstillstand zwischen den Menschen und den im Verborgenen lebenden mystischen Wesen droht zu zerbrechen, als der verbitterte Elfen-Prinz Nuanda der Menschheit den Krieg erklärt.
Nuanda will die unbesiegbare, in einem tiefen Schlaf liegende Goldene Armee wiederbeleben und mit ihr die Welt erobern. Die einzige Chance der Menschen gegen Nuanda und seine mächtigen Verbündeten aus dem Reich der Fabelwesen sind der Dämon Hellboy, seine Feuer beherrschende Freundin Liz, das empathische Tiefsee-Wesen Abe und das Geistwesen Johann Kraus, die im Auftrag einer Geheimorganisation die Welt vor übernatürlichen Gefahren beschützen.
Unterstützung erhalten sie von Nuandas Zwillingsschwester, die sich gegen die zerstörerischen Pläne ihres Bruders stellt.