Neben Billy Bob Thornton und Hank Azaria spielte Kelly Lynch in "Homegrown" (1998) und in Stanley Tongs Komödie "Mr. Magoo" (1997) mit Leslie Nielsen in der Hauptrolle. In letzterem Film lernte sie, sämtliche Stunts selbst zu absolvieren. Darüber hinaus sah man sie als unglückliche Frau von Alec Baldwin in Phil Joanous "Mississippi Delta" (1995). Als Matt Dillons drogenabhängige Frau in "Drugstore Cowboy" wurde Hollywood auf Lynch aufmerksam. Ihr intensives Spiel brachte ihr viel Kritikerlob und eine Nominierung für den Independent Spirit Award in der Kategorie beste Darstellerin ein. Eine zweite Nominierung erhielt sie für den Independent-Film "Aussichtslos" (1994), in dem sie neben Martha Plimpton spielte.
Kelly kam in Minnesota zur Welt und zog nach New York, um dort Schauspielerei bei Sanford Meisner zu studieren. Sie wurde ein vielgefragtes Model für die Elite Talent Agency und kam zum Film, als sie von Regisseur Roger Donaldson neben Tom Cruise in "Cocktail" (1987) besetzt wurde.
Weitere Filme mit Kelly Lynch: Michael Ciminos "24 Stunden in seiner Gewalt" (1990) mit Mickey Rourke, "Curly Sue - Ein Lockenkopf sorgt für Wirbel" (1991) unter der Regie von John Hughes, "Drei von ganzem Herzen" (1993) mit William Baldwin, "Unsere Welt war eine schöne Lüge" (1994) mit Harvey Keitel, "Straße der Rache" (1995) mit John Travolta, "Virtuosity" (1995) mit Denzel Washington,Russell Crowe, "Menschenjagd" (1997) mit David Caruso, "Joe Jedermann" (2001) mit Tim Allen, "The Slaughter Rule" (2002), "Homeless to Harvard: The Liz Murray Story", "Dallas 362" (beide 2003), "The Jacket" (2004), "At Last", "The L Word - Wenn Frauen Frauen lieben" (Serie), "Verführung aus dem Internet", "Welcome to California" (alle 2005), "The Hunters", "The Visitation" (beide 2006), "Eine ganz normale Clique" (2007), "The Cleaner" (Serie, 2008), "The Perfect Age of Rock 'n' Roll" (2009), "Kaboom" (2010), "Magic City" (Serie, 2012).