Scooby Doo und seine Freunde besuchen Eric im Forschungslabor. Ihr alter Freund ist ein absoluter Computerfreak und entwirft unter der Leitung von Professor Zweistein ein raffiniertes Computerspiel. Das handelt von der Spürnasengang und ihren berühmtesten Fällen.Plötzlich entweicht dem Spiel ein Computervirus in Geistform. Angst und Schrecken macht sich breit, aber glücklicherweise sind Scooby Doo und das Spürnasenquartett bereit als erfahrene Geisterjäger zu helfen. Auf der Jagd nach dem Monster erfasst sie ein Laserstrahl und beamt sie direkt in den ersten Level. Um wieder in die Realität zu gelangen, müssen die Freund erst alle zehn Level durchspielen und auf jeder Stufe Scoobys geliebte Schmeckys finden.Dabei reisen sie von der prähistorischen Vergangenheit bis ins Weltraum-Zeitalter der Zukunft. Mit steigendem Level sind sie immer größeren Gefahren ausgesetzt. Die Fünf treffen auf Dinosaurier, sich selbst als Computer-Doubles, gefährliche Gegner aus ihren vergangenen Fällen und immer wieder auf das Phantom.Scooby und seine Freunde müssen alles geben, um dem virtuellen Gefängnis zu entkommen.